一头好的种用牦牛，不仅要求本身生产性能高、体质外貌和繁殖性能好、发育正常、合乎品种标准，更重要的是种用价值要高。因为种畜的主要价值，不在乎它本身生产性能的高低，而在于能否生产优质的后代，也就是说是否具有优良的遗传型。所以，牦牛的选种，实质上就是对牦牛遗传型的选择。
1）性能测定
性能测定或称成绩测验。是根据牦牛个体本身成绩的优劣决定留种与淘汰。对于牦牛的增重、阶段活重、体格大小、饲料利用率等遗传力较高，且能够活体测定的性状，它是一种十分有效的选择方法。1.5-3岁牦牛的二选和定选均采用这种方法。在实际选种中，当被选个体同一性状只有一次成绩记录时，应先校正到同一标准条件下，然后按表型顺序选优去劣；当被选个体同一性状有多次成绩记录时，先把多次记录进行平均，然后按平均值进行排序选种。
2）系谱测定
系谱测定就是通过查阅和分析各代祖先的生产性能、发育情况以及其他材料，来估计该种畜的近似种用价值，以便基本确定种畜的去留。在实践中，往往是将多头种畜的系谱直接进行针对性的分析比较。鉴定时，重点放在父母代的比较上，其次是祖父母代上。因为近代亲属影响大，远亲影响小；审查和鉴定不能针对某一性状，要以生产性能为主做全面的比较；不同系谱要同代祖先相比，即亲代与亲代、祖代与祖代比较。系谱测定多用于幼年和青年时期，本身尚无生产性能记录时的选种，是早期选种的方法之一。在牦牛生产中主要用于种用牦牛的初选。
3）同胞测定
同胞测定是根据其同胞的成绩来评定某一个体的种用价值。可分为全同胞测定、半同胞测定、全同胞一半同胞混合测定等三种。而牦牛选种中的同胞测定主要是半同胞测定，另两种同胞测定较少应用。对于牦牛的产乳量、乳脂率、产后乏情长短、排精量等限性性状和屠宰率、净肉率等活体难于准确度量的性状，用同胞测定是的方法之一。 4）后裔测定
后裔测定是根据后代的成绩，来评定种畜种用价值好坏的一种方法。它是评定种畜种用价值可靠的方法，因为后代是亲代的产儿，是亲代遗传型的直接继承者。常用的有以下几种方法。
（1）母女对比法：
这种测定方法多用于公牛。它是通过母女间生产性能的直接比较来选择公牛的一种方法。作法是母女成绩相比较，凡女儿成绩超过母亲的，则认为公牛是改良者，可留作种用，否则就淘汰。此法还可通过计算公牛指数（F），依指数的大小排序选留。公牛指数计算公式为：
F=2D-M
式中：下为公牛指数
D为女儿成绩：
M为母亲成绩。
这种方法简单易行，一目了然，适用于小群体的选种，但由于母女所处的年代不同，存在一定的环境差异。同一头公牛与不同的母牛群配种会得到不同的结果。
（2）同期同龄比较法：。
同期同龄比较法是将被测公牛的女儿与其它同期、同群、同龄母牛的生产性能加以比较，来评定种公牛的遗传性能好坏的一种方法。其优点是可以消除场地、季节等非遗传因素的影响，且方法简单，在资料不全时，可按单一性状进行选择。不足之处是所得结果只是对表型值的一个估计，没有消除预测中的误差。
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